Am 2. April 2006 schickte Freiburgs Oberbürgermeister, Dr. Dieter Salomon, mit seinem Startschuss um 11:05 die Marathonläufer und um 14:05 die Halbmarathonläufer auf den 21,1 Kilometer langen Rundkurs durch Freiburg.
Angemeldet zu dem sportlichen Großereignis hatten sich 12.324 Ausdauersportler. Für den Marathon entschieden sich 2.912 Teilnehmer und für die halbe Distanz 9.412 Teilnehmer. Allein während der 3-tägigen Marathonmesse meldeten sich noch 783 Läuferinnen und Läufer nach.
Der Rennverlauf beim Marathon zeigte sich spannend: Bereits nach 12 Kilometern bildete sich eine 5-köpfige Spitzengruppe. Darunter der letztjährige Gewinner und diesjährige Favorit Max Frei vom PTSV Jahn Freiburg und der Premierensieger des Freiburg Marathon 2004, Ulrich Benz von der LG Brandenkopf . Mit dabei Jens Köstle , Thomas Stegerer und Christian Jocher, der im letzten Jahr beim München Marathon 2005 Zweiter wurde. Bei Kilometer 14 setzte sich der Südtiroler Christian Jocher an die Spitze, konnte seinen Vorsprung jedoch nicht lange halten. Frei und Benz verschärften ihr Tempo und zogen an Jocher vorbei. Stegerer und Köstle fielen ebenfalls ab. Kurz vor Kilometer 27 zog Frei an Benz vorbei und sicherte sich den Marathon-Sieg in 2:30:11 Stunden. Auf Platz Drei kam Jens Köstle vom Golden Runners DEE-Team.
Bei den Frauen setzte sich im Marathon überraschend Sandra Kym, Laufgruppe Fricktal, in neuer Streckenrekordzeit von 2:58:28 Stunden vor der Favoritin Birgit Bartels, FV Kirchzarten, durch. Dritte wurde Simone Meiniger von der LTG Kämpfelbach.
Beim Halbmarathon siegte bei den Männern Stefan Stahl, Team Skinfit SG Niederwangen in 1:10:03. Bei den Frauen stellte Christine Schleifer von der LG Neckar-Enz, mit 1:15:34 Stunden einen neuen Streckenrekord auf.
Bei meist trockenem und windigem Wetter kamen rund 50.000 Marathonfans und Zuschauer an die Strecke. 42 Musikgruppen und zahlreiche Privatinitiativen sorgten für Partystimmung entlang der ganzen Strecke. Stimmungshöhepunkte waren – wie erwartet – am Martins- und Schwabentor, die Kaiser-Joseph-Straße und der Stadtteil Herdern.
Gut angenommen wurde die ausgelegte Spendenmatte. Erstmals konnten die Teilnehmer bei einer Laufveranstaltung durch Überlauf der Matte mit dem Zeitnahme-Chip bei Kilometer 8,5 ihre Spendenbereitschaft erklären. Rund 2.800 Läuferinnen und Läufer liefen über die Matte. Der Erlös von je 5,- Euro pro Mattenkontakt kommt der Aktion „Südbaden hilft“ und den Opfern der Flutwelle in Chengalpattu, Indien, zugute.
Laut den Dienst habenden Notärzten gab es keine größeren medizinischen Einsätze. Die Läufer wurden von 150 Sanitätern und Helfern und 9 Ärzten die Johanniter Unfallhilfe versorgt.
1. Max Frei, PTSV Jahn Freiburg 2:30:11
2. Ulrich Benz, LG Brandenkopf 2:31:04
3. Jens Köstle, Golden Road Runners DEE-Team 2:33:14
1. Sandra Kym, Laufgruppe Fricktal 2:58:27
2. Birgit Bartels, FV Kirchzarten 3:01:26
3. Simone Meiniger LG Käpfelbach 3:01:59
1. Stefan Stahl, Team Skinfit SG Niederwangen 1:10:03
2. Nouredine Kechad, Breisach 1:10:13
3. Jens Stepan, TuS Huchting Bremen 1:10:59
1. Christine Schleifer, LG Neckar-Enz 1:15:34
2. Simone Maissenbacher 1:20:37
3. Barbara Imgraben 1:23:02
Gemeldete Teilnehmer: 12.324
Teilnehmer im Ziel: 10.363
Gemeldete Teilnehmer: 2.912
Teilnehmer im Ziel: 2.357
Gemeldete Teilnehmer: 9.412
Teilnehmer im Ziel: 8.006