Am 15. März 1996 wurde der Kölner Verein für Marathon e. V. mit dem Ziel gegründet, einen Stadtmarathon in Köln auszurichten. Einer der wichtigsten Aspekte wurde in der Satzung verankert: Die Gemeinnützigkeit des Vereins steht an erster Stelle. Damals wie heute ist der Köln Marathon keine profitorientierte Veranstaltung und keinem Investor verpflichtet.
Im Wesentlichen waren es Erich Tomzig, ein passionierter Kölner Läufer und Lauforganisator, der leider 2002 verstarb, und Rainer Nistl, ebenfalls Marathonläufer, die das Marathonprojekt in Köln planten und umsetzten. Nistl, zu dieser Zeit Vorstandsmitglied bei den Kölner Ford Werken, brachte nicht nur den ersten Titelsponsor mit, sondern wurde auch 1. Vorsitzender des Kölner Verein für Marathon e. V. Weitere Mitglieder des Vorstandes wurden Dr. Barbara Hammerer, Jürgen Roters, Helmut Zimmermann, Andreas Henseler, Berthold Schmitt, Andreas Nels, Georg Herkenrath und Erich Tomzig.
Mit der Durchführung der Veranstaltung wurde die am 2. Juli 1996 gegründete Köln Marathon Veranstaltungs- und Werbe GmbH betraut, welche am 5. Oktober 1997 den ersten Ford Köln Marathon durchführte und direkt einen Weltrekord aufstellte. Damals hatte kein Marathon mehr als 13.000 gemeldete Teilnehmer bei seiner Premiere.
"In den letzten 20 Jahren ist der RheinEnergieMarathon Köln zu einem festen Bestandteil der Sportstadt Köln geworden. Ich möchte mich allen bedanken, die sich teilweise seit 1997 für den Köln Marathon engagieren. Hier ist etwas Großartiges entstanden, was auch in Zukunft viel zum positiven Image Kölns beitragen wird", so der amtierende 1. Vorsitzende der Vereins, Berthold Schmitt.
Am 2. Oktober 2016 findet der 20. RheinEnergieMarthon Köln statt. Eine bewährte Mischung aus Spitzensport und Breitensport, läuferischen Ambitionen und rheinischem Frohsinn, Funktionskleidung und Karnevalskostümen findet einen würdigen Abschluss in einer großen Geburtstagsfeier nach dem Zieleinlauf.