Zusätzlich zur Marathondistanz werden neu auch eine 4 km- und eine 12 km-Strecke angeboten. Der Neujahrsmarathon bietet somit nicht nur durchtrainierten Top-Athleten ein tolles Erlebnis, sondern auch allen Hobbysportlern, welche sich die spezielle Ambiance unter dem vom Feuerwerk erhellten Himmel nicht entgehen lassen möchten.
Die Strecke verläuft entlang der Limmat, mit Start und Ziel in Schlieren. Die Laufstrecke verläuft grösstenteils auf Naturwegen. Verkehrsstrassen sind keine zu überqueren. Die Strecke gehört zu den flächsten Schweizer Marathonstrecken. Einzig bei den Brückenpassagen über die Limmat sind kleinere Höhendifferenzen zu bewältigen.
Dank der speziellen Startzeit ist der Neujahrsmarathon auch 2006 wieder weltweit der erste Marathon im neuen Jahr, womit Jahresweltbestzeiten garantiert sind. Damit die Zeiten offizielle Anerkennung in den Rekordbüchern finden, wurde die Strecke offiziell vermessen. Die Zeitmessung erfolgt mittels Chip, welcher am Laufschuh befestigt wird.
Für die meisten Läuferinnen und Läufer geht es beim Neujahrsmarathon jedoch nicht um eine Weltbestzeit, sondern um den Spass am Laufen. Der Neujahrsmarathon bietet nicht nur aktiven Sportlerinnen und Sportlern Gelegenheit zu einem besonderen Start ins neue Jahr, sondern auch allen Begleitpersonen, Helfern und Fans.